У взрослых бегемотов в своей среде почти нет врагов. Даже огромные крокодилы убираются с их дороги, а львы охотятся на них только в исключительных случаях. Настоящую опасность для бегемотов представляют только их собственные соплеменники… и люди.
Бегемоты в Африке ежегодно являются виновниками смерти большего количества людей, чем львы, слоны и буйволы вместе взятые. Они, не задумываясь, атакуют при возникновении у них чувства угрозы, а защитную реакцию вызывает и небольшая удаленность лодки с рыбаками или ненамеренное отсечение пути бегства с суши в воду.
Люди платят бегемотам той же монетой. Рыбаки, которых они атакуют чаще других, ради собственного чувства безопасности, часто убивают бегемотов при любой удобной возможности.
Предметы, изготовленные из зубов бегемотов, почти невозможно отличить от слоновой кости. Так как бегемоты не охраняются так тщательно, как слоны, их зубы стали пользующимся спросом товаром. Только из Уганды в течение 2002 г. было нелегально вывезено 5 тонн зубов бегемотов, что представляет собой 2 000 убитых животных (более четверти местной популяции).
В странах с гражданскими войнами распространена охота, угрожающая бегемотам из-за добычи мяса. Огнестрельное оружие позволяет проводить массовые убийства бегемотов, а контроль над соблюдением законов практически равен нулю. Только в Демократической Республике Конго за восемь лет войн было выбито 95 % всех бегемотов.
Раньше бегемоты жили в подходящих для них областях на территории всей Африки, на юг от Сахары. Во многих местах они уже исчезли, территория их распространения сегодня раздроблена, и в более чем половине стран численность популяции бегемотов снижается. Вместе с тем, они играют незаменимую роль в окружающей среде, и их защита имеет влияние на целое сообщество.
Самую большую опасность для бегемотов представляет расширяющееся сельское хозяйство. Из-за основания новых полей и садов в местах, куда ходили пастись животные, они лишаются своего естественного пространства. Результатом является большее количество конфликтов с людьми, которые могут плохо кончиться для обеих сторон.
В людных областях бегемоты почти не могут избежать того, чтобы при ночных походах на пастбище не пройти через одно из полей. При этом они топчут и уничтожают часть урожая, а рис или кукурузу с удовольствием поедают. Поэтому местные жители не любят бегемотов и преследуют их.